本發明屬于材料技術領域，具體涉及一種全生物基苯并噁嗪樹脂及其制備方法；包含以下步驟：將辣椒素作為酚源，將糠胺作為胺源與醛類化合物在有機溶劑中混合，于40~90℃反應4~8h，經純化處理得到全生物基苯并噁嗪單體；將所述苯并噁嗪單體在130~220℃固化反應4~12h得到聚苯并噁嗪。辣椒素作為一種生物基原料有抗氧化、抗菌的作用。本發明制備的樹脂首次將生物基辣椒素引入到苯并噁嗪樹脂中。本發明樹脂的原料易得、成本較低、操作過程簡單、對環境友好，有望應用到抗菌涂層中，實現工業化生產。